PCR là một phương pháp xét nghiệm khá tốn kém và quy trình khá phức tạp (dựa trên kĩ thuật nhiệt) nên thường chỉ dùng cho trẻ em (dưới 18 tháng tuổi) để phát hiện bản sao bộ ADN của HIV. Thường dùng phương pháp này để xét nghiệm cho trẻ em dưới 18 tháng tuổi hoặc dùng đo nồng độ vi rút cho người có HIV. Nếu xét nghiệm PCR âm tính (dưới ngưỡng cửa phát hiện) thì Bác Sĩ vẫn khuyên sau 12 tuần xét nghiệm lại. Vì vậy bạn nên đợi đủ 4 tuần làm XN HIV Combo hoặc 6 tuần XN Anti HIV.
Trường hợp bạn quan hệ có sử dụng BCS là không có nguy cơ, nếu BCS rách cả hai sẽ cảm nhận được ngay, xong trận rút ra sẽ thấy ngay bằng mắt thường.