Thuốc phơi nhiễm không phải kẹo ngọt, chỉ phải dùng trong trường hợp có nguy cơ với HIV, vì nó có rất nhiều tác dụng phụ.
Một số tác dụng phụ khi uống thuốc phơi nhiễm HIV:
Nhức đầu, khó chịu, mệt mỏi, buồn nôn, nôn, tiêu chảy, biếng ăn, đau bụng, bị chuột rút và khó tiêu. Nhiễm acid lactic, chứng gan to và gan nhiễm mỡ, viêm gan tái phát khi ngưng trị liệu. Trên đường hô hấp: ho, chảy nước mũi và sung huyết mũi. Bệnh lý thần kinh ngoại biên như chóng mặt, buồn ngủ, rối loạn giấc ngủ, trầm cảm. Đau khớp, đau cơ, đau nhức cơ xương và bị rụng tóc. Huyết học: giảm bạch cầu trung tính, thiếu máu, giảm tiểu cầu; Cảm lạnh hay sốt; Viêm tụy ở trẻ em bị nhiễm HIV, tăng men gan, phát ban da, hội chứng loạn dưỡng lipid, chứng vú to ở phái nam và biểu hiện như bệnh phát phì.