Một số trường hợp uống PEP thất bại do nhiều nguyên nhân: có thể trước kia người đó đã nhiễm HIV nhưng chưa XN bao giờ, hoặc do khi uống thuốc thường xuyên uống sai giờ, thậm chí bỏ bữa thuốc mới dẫn đến thất bại điều trị. Còn nếu được uống trong 72 giờ và tuân thủ điều trị tốt thì chưa trường hợp nào thất bại cả.