Các phương pháp xét nghiệm kháng thuốc

Xét nghiệm kháng thuốc kiểu gen (Genotypes) 29,30,33: Tất cả các thử nghiệm nhằm phát hiện sự thay đổi trong trình tự sắp xếp gene của HIV mà có khả năng thay đổi thứ tự hoặc cấu trúc cuối cùng của men sao chép ngược hoặc men protease

Nhiều lọai thử nghiệm đã có: Trình tự chuỗi (sequencing) DNA, lai giống (que vạch hoặc mạch chip). Một số xét nghiệm kiểu gen hiện đang lưu hành là: HIV-1 TrueGene™, Bayer Healthcare Diagnostics/Siemens Medical Solutions Diagnostics; hoặc ViroSeq™, Celera Diagnostics/Abbott Laboratories,…

Xét nghiệm kháng thuốc kiểu hình (Phenotypes) 29,31,33: Phương pháp này trực tiếp đo mức độ nhạy cảm với thuốc của vi rút. Tốc độ nhân bản của vi rút được đo trên các môi trường nuôi cấy tế bào dưới áp lực chọn lọc của thuốc với nồng độ tăng dần và so sánh với tốc độ nhân bản của vi rút hoang dại. Thực hiện xét nghiệm kháng thuốc kiểu hình ít phổ biến do giá thành quá cao.

Xét nghiệm kiểu hình ảo (Virtual Phenotypes) 29,32,33: là cơ sở dữ liệu về kiểu gien - kiểu hình (kiểu hình ảoTM) trong đó chứa các mẫu có sẵn kiểu gien và kiểu hình và kiểu gien của bệnh nhân được so sánh với những mẫu có cùng kiểu gien, kiểu hình của mẫu đối chứng được dùng để tiên đoán giá trị trung bình IC50 theo từng lọai thuốc. Một số xét nghiệm kiểu hình ảo là Antivirogram™, Virco; PhenoSense™, Monogram Biosciences (trước đây là ViroLogic); và Phenoscript™, Viralliance.

Phiên giải kết quả kiểu gen kháng thuốc 33

Trong trình tự nucleotide của bộ gen HIV, cứ 3 nucleotide nhóm lại thành 1 codon và mã hóa cho một amino acid trong trình tự protein. Các đột biến kháng thuốc được mô tả bằng 1 con số chỉ vị trí của codon tương ứng và 2 chữ cái: chữ cái trước con số là amino acid tại vị trí codon đó ở vi rút hoang dại, còn chữ cái sau con số là amino acid tại codon đột biến. Ví dụ M184V là đột biến ở codon 184 của gen sao chép ngược dẫn tới sự thay đổi methionine thành valine ở men sao chép ngược.

Áp dụng quy luật (dựa vào phần mềm) để biện luận các kiểu đột biến và diễn giãi theo từng lọai thuốc . Ví dụ: Hướng dẫn xác định di truyền học, tiêu chuẩn ANRS của PhápTM, chương trình phân tích kháng thuốc HIV của Stanford (http://hivdb.stanford.edu) . Một số nhà sản xuất các xét nghiệm kháng thuốc đã đưa sẵn các hướng dẫn phiên giải kết quả

Kháng thuốc trong các nhóm ARV

Kháng thuốc nhóm NRTI

Với một số thuốc thuộc nhóm NRTI, chỉ cần một đột biến có thể gây kháng thuốc. Đối với một số thuốc khác cần phải có nhiều đột biến mới gây kháng thuốc được. Các đột biến gây kháng thuốc trên một số ARV đặc biệt như:

o M184V: 3TC.

o K65R (thường xuất hiện do thất bại phác đồ 3 NRTI chứa TDF) làm mất hiệu lực của ABC,3TC, FTC và có thể cả ddI. Do độ nhạy với TDF tăng lên khi có M184V 25, và tỷ lệ lưu hành chung K65R thấp nên có thể việc sử dụng phối hợp TDF và 3TC ở phác đồ bậc 2 làm tăng khả năng kiểm soát vi rút.

o L74V: DDI, ABC

Phức hợp gây kháng nhiều thuốc:

o Q151M: gây kháng tất cả các thuốc nhóm NRTI trừ Tenofovir

o Phức hợp 69: kháng tất cả các thuốc trong nhóm NRTI.

AZT và D4T là các thuốc tương tự thymidine, các thuốc này cần ít nhất 3 đột

biến trên nhóm Thymidine analogs (TAMs) mới giảm hiệu lực (kháng cao).

Đột biến nhóm TAM (Thymidine Analog (Resistance) Mutations(các đột biến tương tự Thymidine)

o TAM1: M41L, L210W, T215Y – gây kháng chéo với DDI, tenofovir

o TAM2: D67, K219Q, T215F

Với vài đột biến nhóm TAMs, tất cả các tác động trên vi rút của thuốc nhóm

NRTI đều bị ảnh hưởng

Kháng thuốc nhóm NNRTI: gen sao chép ngược chỉ cần một đột biến là bị kháng. Kháng chéo là qui luật trong nhóm này: nếu vi rút kháng với một thuốc (NVP, EFV) thì sẽ kháng với tất cả các thuốc trong nhóm (trừ Etravirine). Các đột biến thường gặp nhất: K103N, Y181C, G190S, Y188L.

Kháng thuốc nhóm PI: Một số có các đột biến nguyên phát đặc trưng như D30N cho Nelfinavir, M46I/L cho Indinavir. Lopinavir (Kaletra) không có đột biến nguyên phát. Thuốc này cần vài đột biến mới sinh kháng thuốc. Một số đột

biến gây kháng chéo với nhiều thuốc trong nhóm PI như L90M

Bảng 3: Các đột biến xảy ra với các xương sống NRTI khác nhau 33

Phác đố NRTI thất bại:

Đột biến

AZT/d4T+3TC

AZT+3TC+ABC

M184V và liên tiếp các TAM nếu để càng lâu:

TDF+3TC/FTC

K65R và/hoặc M184V:

ABC+3TC

L74V > K65R và/hoặc M184V:

AZT/d4T+ddI

TAMs, Q151M, T69ins:

TDF+ABC/ddI

K65R