Nếu giao hợp bằng đường hậu môn, bao cao su rất dễ rách vì hậu môn không thể tự tiết ra chất nhờn giống như âm đạo. Vì vậy những người quan hệ tình dục kiểu này thường phải dùng chất bôi trơn. Tuy Chất này có thành phần dầu nên có thể gây nhiễm khuẩn. Ngoài ra, nhiều loại dầu hoặc kem bôi trơn chứa các chất phụ gia và tạo mùi, gây khó chịu, dị ứng cho người sử dụng.
Đau: Đau xảy ra gần như trong suốt quá trình quan hệ tình dục. Nguyên nhân là các cơ bị co thắt; sự cọ xát làm tổn thương niêm mạc hậu môn hoặc rách cơ. Đau cũng có thể là dấu hiệu của một bệnh truyền nhiễm. Cơn đau xuất hiện ngay lập tức hoặc một vài ngày sau khi quan hệ.
Chảy máu hậu môn: Nhất là khi hậu môn đã có một vết rách xuất phát từ bệnh trĩ.
Nhiễm trùng bàng quang. Bàng quang là một phần của đường tiết niệu- bao gồm bàng quang, niệu đạo, thận và niệu quản, ống dẫn nước tiểu đi từ thận đến bàng quang. Khi quan hệ tình dục qua "cửa sau", vi khuẩn cư trú trong đại tràng sẽ di chuyển từ niệu đạo đến bàng quang từ đó gây nhiễm trùng.
Xuất tinh sớm. Thường thường, "yêu" qua "cửa sau" đem lại cho cả hai những cảm giác lạ lẫm so với những kiểu "yêu" thông thường. "Yêu" bằng cách này sẽ giúp cho "cậu nhỏ" của chàng nhanh đạt được khoái cảm và khó kiểm soát, lâu dần sẽ dẫn đến hiện tượng xuất tinh sớm.
Rách ruột: Là một tai biến ít gặp nhưng vẫn có thể xảy ra, nhất là trong trường hợp dùng thêm dụng cụ hỗ trợ. Rách ruột dẫn đến viêm phúc mạc - một tình trạng bệnh lý ngoại khoa khẩn cấp cần can thiệp phẫu thuật sớm, nếu không có thể dẫn đến tử vong.
Bệnh truyền nhiễm: Quan hệ tình dục qua đường hậu môn là con đường dễ dẫn đến lây lan các bệnh truyền nhiễm nhất. Sẽ khó phát hiện nếu như mầm bệnh nằm trong ổ bụng chứ không phải ngay trên dương vật. Một nghiên cứu vào năm 1987 cho thấy, việc thực hành anal sex với một bạn tình sẽ làm tăng gấp 3 nguy cơ nhiễm bệnh. Nếu quan hệ với 5 bạn tình trở lên thì nguy cơ sẽ tăng 18 lần. Ngoài ra, virus HIV cũng rất dễ phát tán khi quan hệ tình dục bằng đường hậu môn.
Nhiễm virus HPV: Đây là loại virus lây lan qua đường hậu môn và là nguyên nhân gây ung thư trực tràng.
Nhiễm viêm gan A: Là nguyên nhân gây vàng da, đau bụng, đôi khi dẫn đến tử vong.
Nhiễm E.Coli: Vi trùng này là nguyên nhân gây tiêu chảy, nhiễm trùng đường tiết niệu như viêm thận, viêm bàng quang, nhiễm trùng huyết.
Ung thư cổ tử cung và ung thư hậu môn. Có khá nhiều bằng chứng để chứng tỏ quan hệ tình dục qua đường "cửa sau" là một nguyên nhân gây ra bệnh ung thư hậu môn và cổ tử cung. Bởi hầu hết các trường hợp ung thư hậu môn và ung thư cổ tử cung có liên quan đến sự lây nhiễm vi rút gây u nhú ở người, và một trong những cách lây lan chính là tham gia vào quan hệ tình dục qua đường "cửa sau".
Ngoài ra, quan hệ tình dục bằng đường hậu môn còn là nguyên nhân gây lây nhiễm các bệnh như herpes, lậu, giang mai, sùi mào gà, nấm và ký sinh trùng...
